レジストリレベルで削除できるアンインストーラーは沢山ありますが、Windows10に最初からインストールされているデフォルトアプリ（Xboxなど）をゴミを残さず削除したい時は「Geek uninstaller」がお薦めです。もちろんフリーソフトも綺麗に削除できるので私の中では必須ソフトです。
Geek uninstaller ⇒ http://www.geekuninstaller.com/
「geek.zip」を解凍して中にある「geek.exe」をダブルクリックで起動します。
Windows10のストアアプリを削除する手順
Geek uninstallerを起動したらView＞interface languageで日本語を選択します。
日本語で表示されたら 表示＞Windows Store Appsをクリックします。
Windows10のプリインストールアプリが表示されるので、不要なアプリ上で右クリックしアンインストールを選択、不要なもの（ごみファイルやレジストリ）が表示されるので完了をクリックします。
Skypeなど全てのアプリがレジストリレベルで削除できます。
またインストールしたフリーソフトも表示＞Desktop Appsから全て綺麗に削除出来ます。