「Handbreak」はISO/DVD/BDやFlV/WMVなどの動画をMP4やMKVに変換できます。
「Handbreak」⇒ https://handbrake.fr/downloads.php
「Handbreak 日本語版」
起動後、下記からファイルを読み込んでください。
読み込みが終わると下記のように表示されます。
Browseで保存先を設定できますがデフォルトの保存先を変更する場合は、tools＞optionから設定できます。
次に下記の設定をします（下手に触らずに２‐PASSのみチェックをつけます）
後はスタートをクリックして待つだけです。
もし、動画形式を変換したいだけなら再圧縮なしのフリーソフトを使用した方がいいと思います（劣化無し）。
例えば「Video Container Changer」は、
ISOは読み込めませんがFLV、MKV⇒MP4に形式変換は一瞬で終わります。
また無劣化でカット＆結合したい時は「bandicut」がお薦めです。
参考記事⇒ https://freepc.jp/bandicut